整枝对木瓜开花结果影响很大，宜在12月至翌年3月间进行。成年树每年整枝1次，剪去病枝、枯枝、衰老枝及过密的幼枝，使树形保持内空外圆，以利多开花、多结果。对于树龄已达10年以上、树势已开始衰弱的老株应进行更新。可在封冻前，将地上部全部砍去让老根长出幼苗，培育成新株。
修剪的目的主要是为了通风透气和透光，这样能够调节整个植株的营养的供给情况。修剪的时候分为春天的修剪和夏天的修剪。在相对来说比较温暖的冬天也可以修剪，如果知道有伤口的话，有蜡或者是泥土做封闭的处理，防止感染一些疾病，或者是腐烂。修剪完之后，整个植株呈现的形状要均匀好看，修剪的时候应该从外面往里面修剪，从下面往上面修剪，先修剪大枝条再修剪小枝条。修剪完之后，整个树要有层次感，没有太大的空间，做到不疏不密。春天修剪的话，一般是在二月份的中旬到3月份这段时间，这时候修剪的主要是已经开始结果的这条把这些枝条剪短。夏天修剪主要是把长得快的枝条的顶部掐掉，再去除掉多余的幼芽。
修剪时间与方法:
1、夏季修剪：时间从树体萌芽后停长前(4-9月)进行。方法为抹芽、摘心、拉枝等。抹芽：及时抹去整形带以下的芽，以及主枝上背上直立芽及延长枝头上的竞争枝；摘心：主枝延长枝长到50-60cm时摘心促发二次枝，培养主枝。其他部位长势强、直立与主枝重叠、交叉的新梢长到20cm摘心，促发二次梢；拉枝：由于木瓜树枝条直立性强，要对各主枝和一、二级侧枝进行拉枝，加大各主枝和各级侧枝的开张角度。同时在8月底、9月初对不是留作主枝的枝拉平，留作辅养枝。
2、冬季修剪：时间在12月至翌年3月间进行。为法为短截、疏枝、回缩和缓放等。
整形方法:树形。以自然开心为主。即全树有30个一级主枝，6-8个二级主技，每主枝上有2个侧枝，各侧枝上分生结果枝和结果枝组，树高2.5m左右，冠幅1m左右。
方法：在苗高80cm处进行定干，对整形带间长出的新梢选留34个留作一级主枝(其余抹除)，按不同方向向外生长，一级主枝问要有10-20cm枝距；在一级主枝上30-50cm之间，再选2-3个向两侧生长的侧枝留作二级主枝，枝长40.50cm；在二级主枝上再选择培养结果枝和结果枝组，枝长在l0-20cm。
3、花果管理:木瓜管理不善会出现大小年，要做好花果管理工作。大年时进行疏花疏果，疏果时应先除枝头果、畸形果、交叉果，一般选留枝条的基部果和中部果，果同距20cm左右，以保证果大、丰产、稳产。
