为了种出美味的蔬菜，必须使土壤中富含大量有机质。蔬菜采收后的冬季，没有太多耕作管理工作，因此是精心准备土壤的理想季节，这样第二年春季就可以进行耕种了。
首先，在1月中下旬进行“寒冷灭菌”，以激发土壤活力。在“寒冷灭菌”时，土壤被挖出后要添加米糠，以增加土壤中微生物的活性，同时提高地力。然后从2月中下旬开始，向土壤中添加牛粪堆肥。这与耕作前施用的堆肥不同，在日本也被称为礼肥，意思是在前一年种植蔬菜后土壤中养分减少，所以为了答谢土壤使用的肥料。
其次，每3年使用1次礼肥，建议用300~400克/米的腐叶土、树皮堆肥或是利用园艺废物的“自制堆肥”等植物性堆肥来代替牛粪肥。腐叶土是由阔叶树(栎树、米槠树、橡树、柏树等)的叶片为材料制成的，树皮堆肥是以树皮为材料制成的，都含有大量的纤维，所以能增加土壤中的空气，从而达到软化土壤、改善透气性的效果。这样不仅可以改善土壤质量，还能让植株的根更容易生长，所以蔬菜就能生长得更好。
第三，堆肥最好在春季播种开始前2个月进行，使其与土壤充分混合。播种时，照常使用基肥。
第四，捣碎下层土，每5年进行1次。在种植蔬菜大约5年的菜园里，建议对土壤进行根本性的改良，但这并不是每年都要做的。将通常耕种的表层(大约15厘米深的土壤)的下层土壤压碎，一般用铲子挖 50~60 厘米深，这样可以改善土壤排水性，根也能更好地生长。这是一项强度大的体力劳动，因此要有计划地逐步进行。
